A mon avis, vous pouvez légalement (mais ça ne signifie pas que ce soit nécessairement le meilleur choix, si ça peut mettre votre locataire en difficultés, ou trop tendre votre relation avec lui) :
- faire les révisions de loyer pour les périodes passées qui ne sont pas encore prescrites (soit 5 ans si je ne m’abuse), et adresser les factures correspondantes au locataire (mais vous ne pourrez pas facturer pour les périodes où vous n’étiez pas propriétaire);
- à partir de l’expiration du bail (soit en juin 2015) proposer un renouvellement avec un autre montant de loyer (et avec un nouvel indice de révision, ILC, cf loi Pinel) en invoquant la valeur locative réelle du local, en respectant bien les formes requise (délai de préavis -6 mois-, forme de la demande, et de sa signification -huissier-). Soit votre locataire accepte, soit il refuse et alors, soit vous trouver un autre terrain d’entente, soit il vous faudra aller devant un juge des loyers qui tranchera.
Vue la complexité des lois sur les baux commerciaux, vous aurez sans doute avantage à vous faire assister par un professionnel (mais ça ne vous dispense pas de comprendre; pour ma part j’ai lu ce livre), d’autant que la récente loi Pinel (pas celle de Duflot, mais celle que Mme Pinel avait lancée quand elle était ministre déléguée à l’Artisanat, au Commerce et au Tourisme) a changé certains aspects. En particulier, il me semble (je n’ai pas creusé en détail) que cette loi limite l’ampleur des révisions du montant du loyer (même en cas de loyer sous-évalué), et la liste de charges pouvant être supportées par le locataire (l’idée était de protéger les petits locataires, mais comme souvent, ça risque aussi/surtout d’avantager les gros…).
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