Syndic bénévole : quelle justificatif de charge comptable ?

Oui, c’est un appel de provision qui doit être effectué par le syndic au nom du copriétaire

L’appel de charges ou de provision est un document que vous devez remettre à votre comptable comme justificatif.

Dans votre premier message, vous évoquez un compte commun de syndic bénévole, géré par l’autre copropriétaire, une SCI également.
Peut-être confondez-vous les 2 termes de syndic et de syndicat ? C’est assez fréquent.
S’agit-il d’un compte bancaire au nom de cette autre SCI, syndic bénévole, ou bien d’un compte bancaire ouvert au nom du "syndicat de la copropriété x" ? Vous êtes 2 copropriétaires composant ce syndicat, dont l’un des deux est syndic. Ce serait étonnant qu’une SCI enregistre dans ses propres comptes comptables des charges concernant une copropriété dont elle ne possède qu’une partie, et les paie avec son propre compte bancaire, puis les refacture à l’autre copropriétaire.
Mais sait-on jamais …
En tout état de cause, si ce n’est pas le cas actuellement, il faut un compte bancaire dédié à la copropriété, qui s’intitule "syndicat de la copro x". Ce compte, géré par le syndic, doit servir à régler les dépenses de la copro, et doit recevoir en crédit des fonds des 2 copropriétaires (dont cet appel de fonds que vous avez réglé par chèque). Chaque année, l’autre copropriétaire doit vous présenter les comptes de la copropriété, c’est son rôle de syndic.
Pour votre compta dans votre SCI, comme DDtee vous l’a indiqué, le document d’appel de fonds est une pièce comptable valable, il doit mentionner le nom de la copropriété (le "syndicat"), le montant appelé et en principe aussi le montant du budget annuel et votre quote-part.